2009’da ilginç bir hikayeyle Beşiktaş yerine son anda Fenerbahçe’ye transfer olan Mehmet Topuz, 7 yıl sonra sarı-lacivertli takımdan sessiz sedasız ayrılmıştı. Sarı lacivertli kulübün yeni sözleşme imzalamadığı tecrübeli futbolcunun ismi birçok takımla anılmış ancak 33 yaşındaki futbolcu, hiç bir takımla anlaşma sağlayamadı. Son olarak adı eski teknik direktörü İsmail Kartal'ın çalıştırdığı Gaziantepspor ile anılan Mehmet Topuz'a bir çok TFF 1. Lig takımının talip olduğu da biliniyor. Fenerbahçe'nin yaklaşık 9 Milyon Euro bonservis bedeli ödeyerek Beşiktaş'ın elinden kaptığı Mehmet Topuz, sarı lacivertli forma altında 7 sezonda 2 lig şampiyonluğunun yanı sıra 2 Türkiye Kupası ve bir Süper Kupa kazandı. Vitor Pereira yönetimindeki takımda Mehmet sadece 3 lig maçında sonradan oyuna girerek 32 dakika süre aldı. Portekizli teknik adamın takımda düşünmediği Mehmet’le sarı-lacivertli yönetim de sözleşme uzatmadı ve tecrübeli futbolcunun Fenerbahçe kariyeri sona erdi.